Những vướng mắc trên khiến cho người dân thiếu sự mặn mà sản xuất theo tiêu chuẩn VietGAP:
-  Sản phẩm đầu ra của các mô hình VietGAP hiện còn thiếu tính liên kết, chưa được người tiêu dùng đánh giá cao, nên không khác biệt so với các sản phẩm thông thường phân bón hữu cơ.
- Bên cạnh việc đầu tư lớn, có khi lên tới hàng tỷ đồng như mô hình rau thủy canh của Công ty CP Đầu tư xây dựng và Thương mại 188 có mức đầu tư 15 tỷ đồng, việc sản xuất theo tiêu chuẩn VietGAP đòi hỏi các cơ sở, người dân phải bỏ ra nhiều khoản chi phí khác như: Tư vấn, lấy mẫu xét nghiệm, giấy chứng nhận, tái chứng nhận, giám sát giữa kỳ... trong khi đó, mức hỗ trợ của Nhà nước còn hạn chế. Theo chính sách khuyến khích phát triển sản xuất hàng hóa nông nghiệp tập trung giai đoạn 2017-2020 của Nghị quyết 45/2016/NQ-HĐND, cơ sở sau khi có giấy chứng nhận sản phẩm VietGAP được hỗ trợ một lần chi phí đầu tư làm cơ sở hạ tầng là 50 triệu đồng.
-  hiện nay là hầu hết các cơ sở đang loay hoay tìm đầu ra cho sản phẩm của mình. Thực tế, ngoài sản phẩm rau an toàn của Công ty CP Đầu tư xây dựng và thương mại 188, Công ty CP Đầu tư và xây dựng Việt Long đang bày bán tại siêu thị BigC Hạ Long, những sản phẩm còn lại vắng bóng tại hệ thống siêu thị. Các sản phẩm chủ yếu vẫn phải bán qua thương lái, bếp ăn tập thể, nhà hàng hoặc cơ sở tự bỏ kinh phí xây dựng các cửa hàng bán lẻ.